Eine Demonstration gegen die Entlassung des Zürcher Zoo-Direktors
Hediger eckte während seiner Amtszeit von 1954 bis 1973 immer wieder beim Zoo-Vorstand an. Als erster Zoo-Direktor wollte er weg von kleinen Käfigen und der reinen Tier-Schau. Sein Ziel war es, dass die Tiere - soweit möglich - in natürlichen Gruppen in einer naturnahen Anlage leben konnten.
So liess er etwa die erste Freiflughalle Europas bauen, ein Meilenstein in der modernen Vogelhaltung. Er führte zudem Informationstafeln bei den Anlagen ein, damit die Besucherinnen und Besucher auch etwas über das Tier erfuhren, das sie anschauten.
Weniger gut konnte er es offensichtlich mit dem Zoo-Verwaltungsrat. Der Konflikt eskalierte derart, dass Hedigers Entlassung kurz bevorstand. Der Kantonsrat liess das Zerwürfnis schliesslich untersuchen und kam zum Schluss, dass die Fehler nicht bei Hediger, sondern beim Vorstand lagen. Hediger konnte bis zu seiner ordentlichen Pensionierung im Jahr 1973 bleiben.
Sein Wissen veröffentlichte der Zoo-Pionier in zahlreichen Büchern. Er wurde auch für die Planung von neuen Anlagen beigezogen, etwa in Sydney und Sao Paulo. Hediger starb 1992. Heute ist eine Auszeichnung des Weltverbands der Zoologischen Gärten nach ihm benannt: der Heini Hediger Award.
Seinen Namen tragen auch mehrere Arten: ein in der Südsee lebender Frosch (Cornufer hedigeri), eine Gottesanbeterin (Hedigerella fasciatella), eine Giftnatter (Parapistocalamus hedigeri) und eine Schnecke (Japonia hedigeri).